清太祖努尔哈赤在建立清朝时，制定了一系列能够掌控人马的制度，其中兵民合一的制度和八旗制度是其中最为重要的两项。八旗制度让女真族得到了快速发展，成为了清朝能够建立的根本。
在八旗制度下，正黄旗、镶黄旗和正白旗被称为上三旗，由皇帝亲自统领，剩下的旗由诸王贝勒统领。正黄旗和镶黄旗以黄色为主，因为在中国古代封建社会中黄色被当作只有帝王才能独享的颜色，所以归皇帝统领地位高也就不足为奇。
但是，正白旗又是如何能位居上三旗之列的呢？其实努尔哈赤在创立八旗制度时，并没有所谓的上三旗和下五旗之分。直到努尔哈赤晚年，他将部分权利给了多尔衮、阿济格和多铎三人，使得这三旗的地位也得到了提升。
皇太极接任后，通过废除四大贝勒共同执政的制度和互换旗号等手段，让自己成为了后金的主人，并且让正黄旗和镶黄旗与正白旗、镶白旗等旗互相交换统领。这些改变让八旗制度更为完善，也奠定了清朝的基础。
皇太极通过一系列的操作掌握了最高的权力，但是同时也提升了两白旗的实力，这使他感到不安。为了拉拢多尔衮，皇太极除了让阿济格的镶白旗旗主统领外，还让多尔衮单独统领正白旗，以制造兄弟之间的矛盾。
接着，皇太极对200旗进行了拆分重组，让多尔衮统领湘白起，同时为了加强中央集权，扳倒了统领镶蓝旗的二贝勒阿敏，并吞并了由三倍了蒙古尔泰统领的正蓝旗。他让自己的儿子豪格统领正蓝旗，而自己亲自统领镶黄旗和正黄旗，一时之间镶黄旗、正黄旗、正蓝旗上三旗的地位就此确立。
1643年，皇太极逝世，实力不断增长的多尔衮一伙人手握两白旗，为了阻止皇太极的长子豪格顺利继位，进行了长时间的拉扯。清朝内部最终达成协议，让年仅六岁的福临登基成为顺治皇帝。
顺治继位后，多尔衮被任命为辅政大臣，开始着手排除异己，首要目标是皇太极的长子正蓝旗旗主豪格。经过数年的努力，多尔衮将朝廷上的各个重要职位都安排上了自己的正白旗人员，成为了朝廷的实际统治者。正白旗的势力也在不断扩大，但是谁也无法逃脱命运的安排。
1650年，多尔衮去世，顺治才开始了自己的亲政之路。尽管多尔衮已经死了，但是顺治帝依然无法解决由正白旗控制的难题。为了避免局势动荡，他下令将两黄旗和正白旗都归皇帝所有，由皇帝亲自统领，正式确立了这个决定。
